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Pathomx is a workflow-based tool for the analysis of metabolomic and other omics datasets. It is interactive, visual, extensible, intelligent, and free for any use. It lets you dynamically build analysis workflows using the interactive editor. Drag and drop connections between plugin tools to create a complete workflow through which to run your analysis. Data can be loaded and processed automatically, and new approaches tested simply by connecting tools.

AntFlow builds upon Apache Ant to provide a new
approach to simplifying system automation that
uses pipelines of hot folders chained together to
perform a given task. Using XML, it associates an
automated task such as data transfer, encryption,
or XML processing with a directory on the local
system. Whenever a file is copied or written into
the hot folder, the associated task is executed
and the file is moved to the next hot folder in
the pipeline for further processing.

PCP (Pattern Classification Program) is a machine learning
program for supervised classification of
patterns. It runs in interactive and batch modes, and
implements the following machine learning algorithms and
methods: k-means clustering, Fisher's linear discriminant,
dimension reduction using Singular Value Decomposition,
Principal Component Analysis, feature subset selection,
Bayes error estimation, parametric classifiers (linear and
quadratic), pseudo-inverse linear discriminant, k-Nearest
Neighbor method, neural networks, Support Vector
Machine algorithm (SVM), model selection for SVM, cross-validation, and bagging
(committee)
classification.

Bioperl is set of Perl Modules for bioinformatics. It contains objects for Sequences, features on Sequences, and other important bioinformatics attributes.

Virtual Token Descriptor for eXtensible Markup Language (VTD-XML) refers to a collection of efficient XML processing technologies centered around a non-extractive XML parsing technique called Virtual Token Descriptor (VTD). Depending on the perspective, VTD-XML can be viewed as either an XML parser, a native XML indexer or a file format that uses binary data to enhance the text XML, an incremental XML content modifier, an XML slicer/splitter/assembler, or an XML editor/eraser.

Python ライブラリ GML のようなフォーマット Pajek、Cytoscape およびその他の人気のあるグラフで使用されるもののように多くの異なるフォーマットからのネットワークを変換します。また、ネットワークに実験データを統合するためにサポートしています。

Http://www.shervinemami.co.cc/で Shervin Emami のウェブサイトのホストとサンプル コードをファイルします。

KNOB (Knoppix for Bio) project は、Knoppix をベースとして、Bioinformatics の学習や研究用にカスタマイズされた Knoppix を作成します。

GSA SNP は SNP データとして遺伝子とハプロタイプのデータを処理することができます、遺伝子セットの解析ソフトウェアです。

!PyRx は、潜在的な創薬ターゲットに対する化合物のスクリーン ライブラリを使用することができます計算の薬剤の発見のための仮想スクリーニング ソフトウェアです。!PyRx 有効に薬効がある化学者を任意のプラットフォームから仮想スクリーニングを実行してデータの準備ジョブの送信と結果の分析から - このプロセスの各ステップでユーザーに役立ちます。それは魔法のボタンある創プロセスでない場合は true ですが、!PyRx にはドッキング ウィザードとそれにコンピューター支援薬物設計のための貴重なツールを使いやすいユーザー インターフェイスが含まれます。!PyRx にはまた化学のスプレッドシートのような機能と合理的な薬剤設計に不可欠な強力な可視化エンジンが含まれています。!PyRx ホーム ページ !PyRx や動画を見るそれを使用する方法についての詳細を学ぶために訪問してください。

バイオインフォマティクスのためのソフトウェアシステム、G-language Genome Analysis Environment（http://www.g-language.org/）の日本のユーザのための意見交換・ドキュメントの整備などを行う。

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